2000多年前，乃堆拉山口就是絲綢之路南線的主要通道[4]，是「茶馬古道」的一部分。
18世紀，印度加爾各答變成重要國際港口，中國大西南與錫金交界的乃堆拉山口到印度加爾各答和西藏拉薩都大約500公里，成了近世紀西藏通往外部世界的捷徑。19至20世紀，西藏和中國其他省區的往來從該山口出喜馬拉雅山到印度，再經加爾各答乘船到上海——比先前從青藏高原下到四川再經長江要快捷得多。
1893年清朝政府與英屬印度簽訂《中英藏印續約》開放亞東，設關通商，印度在下司馬鎮（今下司馬鄉）獲得特權，印英商人的貨物只要經亞東商務代表處登記即可進入市場。
1928年，英國地質學家約翰·伊斯頓在《穿過錫金和西藏到珠穆朗瑪峰的一條少人問津的大道》描寫道：[5][6]
一次又一次鼓起勇氣希望最後一個山峰已經過，卻看到前面總是出現另外一個……山外有山，溝外有溝，黃色禿頂的山脈延伸…它們後面，湧現出一座萬丈高的雄偉尖椎、衝刺藍色的天空，多麼難以形容的、終年積雪的珠穆朗瑪——群山的聖母。
1930年，中華民國政府派密使謝國樑借道印度、通過乃堆拉山口去拉薩，與隨行譚雲山兩人化裝混在入藏商隊中偷渡入境，商隊熱鬧非凡，偷渡輕而易舉。謝國樑中途病逝，譚雲山受託把中國政府的密信親自交給了達賴喇嘛。譚作為達賴喇嘛的客人，又受託從乃堆拉山口進入印度拜會獨立運動領袖聖雄甘地。 譚還經常去距離乃堆拉山口幾十里的喜馬拉雅山腳的大吉嶺（當時是英殖民當局的印度高級旅遊避暑勝地），著名畫家徐悲鴻在此畫了許多名畫。乃堆拉邊貿的興旺推動了加爾各答到大吉嶺這一帶的繁榮，中國商人當時在此地非常活躍。
1947年，獨立後的印度繼承英國殖民當局在當地的特權。1954年，中印兩國簽署通商、交通協定，取消了印度在下司馬鎮的特權。1957年，乃堆拉山口的中印貿易額達到最高峰1.1億銀元，佔當時中印貿易總額的80%以上，當時每天有超過1000頭騾子和700多人往返在這條貿易通道上，很多印度商人在亞東縣城內的前街做生意。
中國崗哨
但自1962年中印邊境戰爭後，兩國撤銷了原邊貿市場的海關機構，乃堆拉山口由軍隊把守，邊貿通道被鐵絲網隔離。部分錫金和印度商人改道加德滿都繼續同西藏做生意。
印度戰爭紀念碑
1967年7月7日到13日中印曾在附近發生了軍事衝突，雙方都有人員傷亡。
1991年12月13日中印簽署備忘錄，其中提出要恢復邊貿。1992年7月1日，印度總統文卡塔拉曼訪華後簽署了《邊境貿易進出規章協議》。[7]
1993年印度總理拉奧訪華簽署《在中印邊境實際控制線地區保持和平與安寧的協定》：「雙方將通過協商制定在實際控制線地區的有效信任措施。任何一方都不在雙方確定的區域內進行特定規模的軍事演習。」中印邊境就此解除了戰爭氣氛，對民間跨越界交往的控制開始放鬆，自發邊貿開始展開。
2003年印度總理瓦傑帕伊訪華時與中國簽署了《關於擴大邊境貿易的諒解備忘錄》，雙方同意增開乃堆拉山口。
瓦傑帕伊政府力排眾議宣布將於2004年7月正式開放乃堆拉山口並恢復中印貿易。但在2004年印度大選中，瓦傑帕伊領導的全國民主聯盟政府失敗。在保守的印度軍方的壓力下，新上台的國大黨政府總理曼莫漢·辛格宣布推遲一年開放乃堆拉山口。
2005年中國總理溫家寶訪印，雙方再次確認儘早開放乃堆拉山口邊貿通道的共識，並加快邊貿基礎設施的修建。
2005年9月，印度政府通知錫金邦首席部長帕文·庫馬爾·昌姆林（英語：Pawan Chamling）正式開放乃堆拉山口。但原定的2005年10月2日的開放時間因基礎設施尚未到位而推遲。
2006年6月初印度國防部長穆克吉訪華，中印就安全問題達成一系列協議中涉及開放乃堆拉山口作為貿易通道的問題。
2006年7月6日，中印重開乃堆拉山口邊貿口岸[8]。
2008年3月西藏騷亂，數百名在印藏人在乃堆拉山口示威[9][10]。2009年，時任古吉拉特邦首長納倫德拉·莫迪視察關口[11]。2010年英聯邦運動會女王火炬接力途徑山口[12]。2013年10月，中印邊境邊防會談會晤站正式成立，乃堆拉山口成為五個會晤站之一[13]。2015年，山口向前往西藏瑪旁雍錯的遊客和朝聖者開放[14]。2017年，中印軍隊在洞朗對峙，乃堆拉山口朝聖活動取消[15]，對峙事件於同年8月結束[16]。10月，印度國防部長尼爾馬拉·西塔拉曼對乃堆拉進行友好訪問，並戍守山口的中國士兵進行簡短交流[17]。2018年中國人民解放軍建軍節，中印士兵在關口召開「邊防特別人員會議」[18]。2019年國際瑜伽節，中國軍民在乃堆拉參加印方主辦的聯合瑜伽練習[19]。COVID-19疫情爆發後，2020年4月，錫金政府關閉關口[20]，其後中印雙方爆發激烈邊境衝突，關口貿易受到衝擊[21]，情況持續到2021年[22]。
北望乃堆拉山口